El trazado de este subtramo recorre durante unos 1.800 m el Parque Natural Bahía de Cádiz y durante otros 4.200 m discurre en sus proximidades o por el límite del mismo.

Este parque natural, junto con otras zonas húmedas cercanas constituye ruta de paso obligado para muchas aves en su desplazamiento hacia África, o son lugar escogido para pasar el invierno.

Además, por el trazado de la obra discurren dos ríos, por lo que las especies acuáticas, tanto peces, anfibios como mamíferos asociados a ella, son muy importantes. Hay que destacar una especie emblemática, esta es el camaleón (Chamaeleo chamaeleon), que se encuentra en las áreas de pinar atravesadas por la obra, como el Coto de la Isleta, y que actualmente se haya en peligro de extinción y protegida por el Real Decreto 3181/1980 de 30 de Diciembre.

Es por ello que durante las labores de despeje y desbroce del terreno se han extremado las precauciones a fin de no contribuir al empeoramiento de su situación.

Se limita la época de los trabajos de despeje y desbroce, evitando la ejecución de los mismos en las épocas de celo y de puesta de huevos, que comprende desde julio a octubre.

Estos trabajos se realizan tomando el máximo de precauciones, que consisten en limitar la utilización de maquinaria pesada en los mismos y emplear medios manuales. En donde era posible se supervisó minuciosamente cada pie de planta ya que los camaleones suelen permanecer escondidos entre las raíces de arbustos y matorrales.

Los ejemplares encontrados alrededor de 10, fueron entregados a los agentes forestales y llevados al centro de recuperación de fauna de la localidad o bien depositados, siguiendo sus indicaciones, en otras zonas de pinar cercano dentro del Parque Natural de la Bahía de Cádiz.