Durante la realización de los análisis del agua del Río Arlanza, en el que se ubica la presa de Castrovido, 200 metros aguas abajo del punto de vertido se detectaron niveles de pH de 10.59, superiores a los valores límite de pH establecidos, que se encuentran entre 6 y 9. La presencia de esos elevados niveles de pH supone un riesgo para la flora y fauna del cauce fluvial, por lo que es necesario realizar el tratamiento previo del vertido. Estos niveles de pH en las aguas de vertido son debidos principalmente al uso de hormigón durante la construcción, sobre todo por los trabajos de decapado y limpieza.

Para neutralizar las aguas de vertido, se ejecutó un depósito de hormigón que constaba de dos compartimentos separados por un muro. En el primer compartimento se realizaba una neutralización del pH del agua procedente de las balsas de decantación mediante la difusión de CO2 a través de unas parrillas. El CO2 se alimentaba desde un tanque criogénico de dióxido de carbono líquido anexo al depósito de hormigón. Una vez el pH del agua es neutralizado, rebosa al segundo compartimento desde donde el vertido, ya neutralizado, se bombea al cauce del río. En este punto los parámetros de calidad del agua se encuentran dentro de los límites fijados por la legislación vigente. La decisión de optar por el empleo de CO2 como agente neutralizante presenta ventajas respecto al uso de otros reactivos como el ácido clorhídrico, ácido sulfúrico o el ácido acético, utilizados de forma más habitual, ya que el uso de estos ácidos supone una mayor dificultad para su almacenamiento y manipulación por su gran poder corrosivo.

Con la implantación del proceso se consiguió que las aguas de vertido mantuvieran un pH constante, dentro de los límites fijados por la legislación. Tras los controles periódicos, realizados tanto por un laboratorio externo acreditado, como por el personal de la control de calidad de la obra, se pudo determinar que el vertido no afectaba a la fauna piscícola, observándose frecuentemente la presencia de truchas, cangrejos de río y otras especies típicas de este tipo de ambiente aguas abajo de la zona de vertido de las aguas tratadas.