El proyecto ha sido objeto de quejas por parte de grupos ecologistas sobre los impactos ambientales que la construcción de la esclusa suponía.

Con la finalidad dar respuesta se ha redactado para la UE un documento con las actuaciones que se van a llevar a cabo para minimizar el impacto ambiental. Siendo la obra un proyecto de interés público, se organizan visitas de los periodistas para mantener informada a la sociedad de los últimos avances y novedades del proyecto. Para dar cumplimiento al referido documento, las actuaciones llevadas a cabo relacionadas con los impactos ambientales son la habilitación de cuatro vaciaderos para depositar el agua de dragado junto con el material extraído y que éste decante previo vertido al río, la creación y señalización de áreas de nidificación, cría y reproducción para la avifauna, así como su seguimiento y traslado al centro de Recuperación de Especies Amenazadas en caso necesario, la evitación de la tala de más de 150.000 pies de tarajes que se mantienen como pulmón dentro de la obra, el transplante de sauces, chopos y moreras y la recuperación de algunas piezas de valor histórico y cultural.

Después de los esfuerzos realizados para prever que cada actuación interfiera lo mínimo posible en el entorno, los resultados han sido satisfactorios en todos los controles realizados, tanto en sedimentos, como en calidad del agua, calidad atmosférica y respeto a la biodiversidad, siendo significativo el hecho que se haya mantenido, incluso aumentado la avifauna de la zona. Además , esta obra no ha recibido ninguna queja ni ninguna reclamación medioambiental más.